Quartos-de-final e meias-finais

18 de Março, às 12h00 (de Portugal Continental), Nyon

Sorteio dos quartos-de-final (7 e 14 de Abril)
FC Porto (POR) - FC Spartak Moskva (RUS)
Benfica (POR) - PSV Eindhoven (NED)
Villarreal CF (ESP) - FC Twente (NED)
Sp. Braga - FC Dynamo Kyiv

Sorteio das meias-finais (28 de Abril e 5 de Maio)
1: Braga/Dynamo - Benfica/PSV
2: FC Porto/Spartak - Villarreal/Twente

Final (18 de Maio, Dublin Arena)
Vencedor da meia-final 2 - Vencedor da meia-final 1

Os emparelhamentos dos quartos-de-final em diante foram determinados por um sorteio aberto no qual não houve cabeças-de-série e os clubes da mesma federação podiam defrontar-se. A equipa sorteada em primeiro lugar joga a primeira mão em casa.

Os encontros das meias-finais foram igualmente determinados por quatro bolas contendo tiras de papel com a frase "Vencedores dos quartos-de-final 1" até "Vencedores dos quartos-de-final 4", colocadas numa taça e misturadas. A primeira equipa sorteada jogará o seu primeiro encontro em casa, frente à segunda formação sorteada, sendo que este procedimento foi repetido para o desafio seguinte.

Um sorteio adicional definiu se o vencedor da meia-final 1 ou o vencedor da meia-final 2 fosse considerado, por razões administrativas, a formação da casa na final.